Il primo nucleo della Biblioteca e degli Archivi di Egittologia dell’Università degli Studi di Milano è costituito da volumi acquistati dal celebre egittologo Sergio Donadoni, che tenne il primo insegnamento di Egittologia in Ateneo. Dal 1993, anno in cui l’insegnamento venne riattivato dalla Prof.ssa Patrizia Piacentini, attuale titolare della Cattedra di Egittologia e responsabile scientifico della Biblioteca e degli Archivi, la collezione bibliografica è stata incrementata in maniera determinante. Nel 1999 fu acquisito l’eccezionale fondo librario di Elmar Edel, costituito da oltre 15000 titoli, mentre nel 2001 fu ricevuta in comodato gratuito parte della biblioteca di Alexandre Varille, poi donata all'Università. Periodici acquisti di volumi di pregio e rari, oltre che di volumi per la ricerca corrente, e doni di privati, costituiscono il continuo incremento della biblioteca, che oggi può essere annoverata tra le prime nel panorama mondiale.

Altrettanto eccezionale è la raccolta archivistica costituita da fondi prodotti da egittologi dalla metà del XIX secolo sino ai nostri giorni. Alcuni fondi sono stati acquistati, come quelli di Elmar Edel (1999), di Alexandre Varille (2002) – al cui interno sono conservati anche la maggior parte di quelli del suo maestro Victor Loret e di James E. Quibell – l’epistolario di Heinrich Brugsch con Auguste Mariette (2004), il fondo Wolja Erichsen (2006) e Bernard V. Bothmer (2008), mentre altri sono stati donati o lasciati in deposito all’Università degli Studi di Milano come quelli di George Fraser (2004), di Giuseppe Botti “Primo” (2011); una seconda parte del fondo Elmar Edel (2012, dono Manfred Görg); i fondi Emile Baraize, Biri Fay e Sergio Pernigotti (2019). Altri due fondi importanti, di William Kelly Simpson e di Pierre Lacau, sono stati donati nel corso degli anni 2000 depositati e ora donati all'Ateneo (pratica in corso).

La fototeca, parte degli Archivi di Egittologia, costituisce ugualmente un’eccellenza dell’Ateneo Milanese, ed è tra le prime al mondo per numero e quantità di fotografie sull’Egitto antico e moderno: contiene decine di migliaia di immagini, dalle prime fotografie all’albumina ad immagini stereoscopiche, lastre fotografiche ottocentesche, stampe, diapositive e immagini digitali. Tra le fotografie aeree, sono particolarmente importanti quelle realizzate da Theodor Kofler nel 1914, di cui si conserva un album unico al mondo contenente le prime immagini dell’Egitto realizzate da aereo.

Nel fondo Mariette si segnala un album che si compone di oltre sessanta pagine, contenente documentazione relativa alla scoperta del Serapeo di Saqqara nel 1850. Si tratta probabilmente della maquette dell'ultimo volume che Mariette aveva programmato di pubblicare sulla sua scoperta, che marcò la storia dell’archeologia egiziana. Fondamentali per la nascita dell’egittologia scientifica, gli scavi in Egitto tra il 1850 e il 1880 e la nascita del Museo egizio del Cairo sono circa 150 lettere inviate da Mariette all’egittologo Heinrich Brugsch. Nel Fondo Loret si segnalano acquerelli realizzati dall’archeologo nelle tombe della Valle dei Re e in altre località; il giornale di scavo relativo alle tombe di Thutmosi III e Amenhotep II, scoperte nella Valle dei Re nel 1898; il diario di viaggio di Loret del 1881; un manoscritto che descrive minuziosamente la collezione di Boulaq, il primo vero museo di antichità egizie in Egitto e i giornali di scavo dell'archeologo a Saqqara del 1897-1899.

Nel fondo Botti si segnala la corrispondenza relativa alla fondazione del Museo greco-romano di Alessandria d’Egitto. Nel fondo Lacau si segnalano numerose fotografie di regnanti e personalità di tutto il mondo che visitarono l'Egitto, in particolare a seguito della scoperta della tomba di Tutankhamon avvenuta durante la direzione di Lacau del Servizio delle Antichità egiziano.

Nel fondo Varille, di eccezionale ampiezza, si conserva tra l’altro documentazione sullo scavo del tempio di Amenhotep figlio di Hapu, sulla piramide di Djedkara Izezi a Saqqara, sul tempio di Karnak e su quello di Medamud, oltre a un’amplissima corrispondenza con egittologi di tutto il mondo. Nel fondo Bothmer è compresa documentazione su collezioni di antichità egizie pubbliche e private, spesso non più altrimenti accessibili, oltre a un’amplissima corrispondenza con egittologi di tutto il mondo.

Nel fondo Biri Fay, sono conservate una straordinaria collezione di cataloghi d'asta che si aggiungono a una già ricca collezione presente in Biblioteca di Egittologia, oltre a migliaia di fotografie di opere egiziane da musei di tutto il mondo, utilissime per la storia dell'arte egiziana.